吉野川水系一級水系
- 吉野川
- 小歩危・大歩危・池田湖（池田ダム）・美馬市脇町南町・下影
- 銅山川
- 祖谷川
- 祖谷渓・奥祖谷二重かずら橋・祖谷のかづら橋・秘境祖谷大橋・祖谷温泉・三好市東祖谷山村落合・剣山水源の森
- 貞光川
- 一宇峡
- 鮎喰川
- 園瀬川
- 嵯峨川
- 嵯峨峡・大川原生活環境保全林
- 高根谷川
- 雨乞の滝
那賀川水系一級水系
- 那賀川
- 歩危峡・鷲敷ライン・高の瀬峡・長安口貯水池（長安口ダム）・あじさい湖（川口ダム）
- 坂州木頭川
- にくぶちの滝・ほら貝の滝
- 沢谷川
- 大轟の滝・大釜の滝
- 釜ヶ谷川
物部川水系一級水系
- 日比原川
勝浦川水系二級水系
- 勝浦川
- 殿川内渓谷・上勝町
- 立川
- 立川渓谷
- 旭川
- 樫原の棚田
- 樫原川
- 樫原の棚田及び農村景観（旧名称：樫原の棚田）
海部川水系二級水系
- 海部川
- 王余魚谷川
- 轟九十九滝・轟山水源の森
